经历漫长的战争之后以七代目火影漩涡鸣人治理的木叶村为中心，成立了新的忍者5大国，本作主要讲述鸣人的儿子、虽然有才能却把鸣人叫做臭老爸的漩涡博人；佐助的女儿、对鸣人抱持憧憬的宇智波佐良娜；以及充满了谜团的超级优秀忍者巳月三人一组，在村子里努力修炼成长的故事。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代。
村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！
慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？
在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
